تختلف معيشة الطحلب في النهر عن معيشته في البحيره ويرجع ذلك إلى اختلاف جريان الماء في النهر حيث تجرى المياه من اعلاه إلى قاعه ومن فروعه المتعدده كماأنه يستقبل الكثير من المواد التي تجرفهاالمياه كالطمى.والمعادن والمواد القاعديه والحامضيه والعناصر المغذيه والكائنات الحيه والميتة والفضلات عضويه .كما أن من أحد العوامل الرئيسية التي تؤثر على معيشته هو التغير في درجة حرارة المياه وتحتوى الأنهار عموما على عناصر مغذيه طبيعيه ونسبة ضئيله جدا من ثانى اكسيد الكربون وهذا من أهم الأسباب التي ادت إلى فشل تنمية كميات كبيره من الطحالب في الأنهار. اما عن درجة الحرارة فإن الطحلب لا يزدهر نموه عند درجات حرارة منخفضة مثل النهر الذي يقع في ولايه اللينويس. أما عن تعكر ماء النهر فإنه يحجب ضوء الشمس مما يمنعه من المرور إلى وسط النهر كماأنه ظهر ان التعكر عامل رئيسى في تحديد نمو الطحلب. كمايمكن أن تؤثر الرياح أيضا في النهر لكن بنسبه ضئيلة. وتؤثر سرعه التيار وطبيعة قاع النهر وضفة النهر ووسط النهر على معظم الكائنات الحيه. والتيار السريع تستفيد منه الطحالب الملتصقه فائده كامله في انتاجها بسبب الخلط المستمر الذي يحدثه وتنتشر بين الصخور المتشققه والمحفوره لتسمح بنمو مستعمرات جديدة كمستعمرات الكومفونيما او لينماسيوم ودياتوما وهي من الدياتومات التي تستطيع الانتشار في الماء بسرعه .وخصوصا في فترة المياه البارده.
وأتضح أن من أهم العوامل المؤثرة على انتشار ونمو طحالب الليمنيا هي:
درجة الحرارة
سرعة التيار
كمية الضوء
وفى المياه سريعه الحركه والغنيه بالنيتروجين والمركبات الفسفوريه في بداية الربيع خاصاً حيث الصخور مغطاه بنموكثيف للحزازيات والطحالب. حيث تلتصق اعداد كبيرة من الدياتومات بصخور الأنهار بواسطه الكتل الهلاميه (الجيلاتينيه) او بسويقاتها بعكس صخور البحيرات. يثبت الطحلب نفسه بواسطه الإفراز الغزير من المواد المخاطيه التي تنتشر على خلاياه ان لم يوجد الكتل الهلامية او سويقاتها مثل الطحالب الخضراء المزرقه. اما عن ثلوج الشتاء فقد يعرَض الكثير من الطحالب لاخطار جديدة مما يجعلها تنتقل وتنعزل عن وسطها. توجد طحالب معيشتها طافيه في المياه ذات التيار البطئ مثل الطحالب المجهريه الطافيه بالتيار. الفرق بين الأنهار ذات التيار السريع والانهار ذات التيار البطئ: نمو الكائنات الحية وخاصه الطحالب الطافية تقل في الأنهار ذات التيار السريع وبالعكس فهي تكثر في الأنهار ذات التيار البطئ وقد تغمرها وتغطيها خاصاًفي الصيف.ومن امثله تلك الطحالب التي تعيش في الأنهار ذات التيار البطئ 1.الطحالب وحيده الخلية ومثال على ذلك طحلب الكلاميدوموناس واليوجلينا والدياتومات والطحالب الخضراء المزرقه.
واكثر المناطق التي يقل فيها التيار في الأنهار هي قاع النهر وحول الصخور وعلى ضفاف النهر مما يؤدى إلى زيادة عدد الطحالب. وتشمل الطحالب المعروفه الموجوده في الأنهار والمسجلة: الطحالب الخضراء والطحالب الخضراء المزرقه والسوطيات
أنواع من الطحالب الشائعة في الأنهار[عدل]
نتحدث هنا عن علاقه الطحالب بالمياه الملوثة التي تحتوى على فضلات المجارى والفضلات العضوية فالتلوث يؤدى إلى عرقله نمو الطحالب نتيجة:
حرمانها من ضوء الشمس
قد تكون مواد سامه تؤدى إلى موت الطحالب
قد تتغير العوامل والظروف التي تعيق النمو والتكاثر
تغير كبير في انتاج الاكسجين واستغلال المواد بواسطه الطحالب التي تعمل على تغير لون وطعم ورائحة الماء
